Urėdijos teritorijoje yra 32 174 ha miškų. Daugiausia – 20 275 ha yra valstybiniai, 11 374 ha privačių bei skirtų nuosavybės teisių atkūrimui ir 525 ha – kitų naudotojų. Valstybiniai miškai suskirstyti į 8 girininkijas: Balbieriškio, Birštono, Išlaužo, Meškapievio, N.Ūtos, Prienų, Šilavoto ir Verknės. Pastarosios padalintos į 20 eiguvų.

Į urėdijos teritoriją patenka didžioji dalis Nemuno kilpų regioninio parko – 12 614 ha, nedidelė dalis Aukštadvario regioninio parko, du valstybiniai draustiniai – Ąžuolų botaninis – 268 ha, Alšios hidrografinis – 161 ha ir paprastosios pušies genetinis draustinis – 150 ha.

Visi miškai suskirstyti į grupes ir pogrupius. I grupės miškų urėdijos teritorijoje nėra, II grupės miškai (miško žemė) užima 2 635 ha (13 proc.), III grupės – 4 610 ha (23 proc.), o IV grupės sudaro didžiausią dalį – 12 515 ha. Miško žemė užima 19 760 ha arba 97 proc. bendro ploto. Medynai užima 18 895 ha arba 96 proc. miško žemės ploto, o neapaugusi mišku tik 346 ha arba 2 proc. Ne miško žemės yra 515 ha. Kultūrinės kilmės medynų ir miško želdinių yra 45-44 ha (24 proc. medynų ploto).

Urėdijos miškuose vyrauja spygliuočiai medynai, kurie sudaro 68 procentus. Daugiausia pušynai, kurie sudaro 41 proc., ir eglynai užimantys 26 proc. viso medynų ploto. Ketvirtadalį užima minkštieji lapuočiai. Bendras medynų tūris 4 679,8 tūkst. kub. m. Vidutinis medynų amžius – 59 metai, skalsumas – 0,74, bonitetas – 1,4. Vidutinis visų medynų 1 ha – 248 kub. m, brandžių medynų – 331 kub. m, einamasis prieaugis – 6,9 kub. m.

Pagrindiniais kirtimais projektuojama iškirsti 66 proc. likvidinės medienos, ugdymo kitimais – 14 proc. sanitariniais – 17 proc. Pagrindinių kirtimų normai apskaičiuoti III ir IV grupės miškuose taikomi kirtimo amžiai, pagrįsti miškininkystės ekonominiai ir ekologiniais reikalavimais, o II grupės miškuose vykdomiems neplyniems kirtimams – gamtinės brandos amžiai. Pagrindinių kirtimų norma II gr. miškuose nustatyta tik pušynams ir eglynams. Brandžius pušynus numatyta iškirsti per 11, o eglynus per 14 metų.

Miško sodmenų auginimas prasidėjo kartu su dirbtiniu miško sodinimu. Tam reikėjo įrengti miško daigynus. patys pirmieji buvo vadinami eigulių daigynėliai, užimantys vos kelis arus.

1939 metais urėdijoje miško daigynai nesiekė 1 ha. Daigynuose augino 1 metų pušų ir 2-3 metų eglių sėjinukus. Didėjant miško sodinimo mastams, daigynų plotai didėjo. 1970-2000 metais miško želdymo mastai buvo maždaug pastovūs, todėl daigyno plotas buvo 2,3 ha. 2001 metais smarkiai išaugus želdinimo mastams, daigyno plotas išaugo iki 5,3 ha. Juose buvo įrengta 0,8 mln. vienetų pušies ir eglės sėjinukų bei 0,9 mln. eglės sodinukų. 2003 metais patvirtinus Lietuvos miškingumo didinimo programą, miško daigynų dislokacija buvo pakoreguota pagal želdinimo apimtis. Planuojama, kad 2002 metais urėdija želdys 256 ha, todėl daigynų poreikis gali išaugti iki 10,5 ha. Tačiau stambinant daigynus, manoma, jog Prienų urėdiją sėjinukais ir sodinukais aprūpins Dubravos miško daigynas.

Prienų urėdijos miškai priskiriami Pietryčių Lietuvos mišrių pušies-eglės gamtiniam našumo rajonui, kuris skirstomas į tris parajonius. Urėdijos miškai priskirti labai našių pušies-eglės miškų parajoniui. Urėdijos valstybinės reikšmės medynų plotas pagal vyraujančias medžių rūšis toks: pušynai – 48 proc., eglynai – 23 proc., ąžuolynai – 2 proc., uosynai – 1 proc., beržynai – 14 proc., juodalksnynai – 8 proc., drebulynai – 2 proc.